Od około 1520 roku majątek w Bożkowie znajdował się w posiadaniu rodziny von Raueck. Po wojnie czesko-palatynackiej posiadłość została skonfiskowana i oddana przybocznemu lekarzowi cesarza, Casparowi Jäschkemu von Eisenhut[1]. Następnie przeszła w ręce jezuitów, od których wykupił ją Johann Georg von Götzen, który rozbudował zamek i w znacznym stopniu przyczynił się do budowy kościoła w jego obecnym kształcie[1]. Po bezdzietnej śmierci ostatniego męskiego potomka tego rodu, hrabiego Johanna von Götzena, majątek przeszedł w 1780 w ręce syna jednej z jego sióstr, hrabiego Antona Aleksandra von Magnisa[1].

Pałac w XIX w.
Pałac w obecnym kształcie powstał w latach 1787–1791 z przebudowy wcześniejszej budowli z fundacji Aleksandra von Magnisa[2]. Od strony północnej w 1800 roku założono park ze sztucznymi ruinami z płytami nagrobnymi i tarczami herbowymi z XVI i XVII w. oraz leśniczówkę. W 1813 na górze Grodziszcze zbudowano wieżę widokową.
Ostatnia przebudowa pałacu nastąpiła po jego wielkim pożarze w 1870 roku za hrabiego Wilhelma von Magnisa[1][3]. W 1871 przystąpiono do odbudowy pałacu. W 1930 przebudowano elewację na klasycystyczną[2]. Po 1945 pałac przeszedł na własność skarbu państwa (a od 1999 starostwa). Przez wiele lat mieściły się w nim różne szkoły agrotechniczne: od grudnia 1951 Ośrodek Szkoleniowy Kierowników Gospodarstw Rolnych, od 1956 Technikum Rolnicze i szkoła ogrodnicza, w latach 1998–2002 funkcjonujące pod nazwą Zespołu Szkół Agrotechnicznych im. Batalionów Chłopskich[3]

W 1973 roku przeprowadzono remont kapitalny pałacu, a w latach 1975–1979 przeprowadzono zabiegi konserwatorskie w pomieszczeniach pierwszego piętra. Pod koniec XX wieku obiekt popadł w ruinę. W 2005 starosta kłodzki sprzedał pałac spółce Fenelon Group za 2,5 mln zł. W roku 2010 kupił go inwestor z Sobótki. W 2016 pałac został udostępniony do zwiedzania.